连云港市综合交通运输学会设秘书处，秘书处负责学会日常工作。下设综合部、财务部、发展研究部和科技培训部四个部门，其负责人名单如下：

秘书长：周克明（兼） 连云港市交通运输局二级调研员

副秘书长： 杨永建 　连云港市交通运输局办公室主任

　 　 　 　李大明 　连云港市公路事业发展中心工程师

综合部：

主 任： 杨永建 　连云港市交通运输局办公室主任

副主任： 李大明 　连云港市公路事业发展中心工程师

财务部：

主 任： 吴建新　 连云港市交通运输局财务处处长

发展研究部：

主 任：顾守江　 连云港市公路事业发展中心农路科长

科技培训部：

主 任：李大明　 连云港市公路事业发展中心工程师